تمثيل البنية الفراغية للبروتين
كيف يمكن تمثيل البنية الفراغية للبروتين؟
بإستعمال مجسمات صلبة أو الكمبيوتر
يمكن تمثيل البنية الفراغية لجزيء بسيط مثل حمض أميني بعدة طرق (نماذج) منها نموذج العود Batonnet ونموذج الكرة والعود Boles et batonnets والنموذج المكدس (الكرة) Sphéres
يمكن للنموذج أن يركب بإستعمال أجزاء صلبة من البلاستيك أو الخشب أو على شاشة الكمبيوتر بإستعمال برامج محاكاة خاصة والذي يمثل أكثر الطرق إستعمالا في الوقت الحالي
تمثل الوثيقة (1) طرق مختلفة لتمثيل بنية حمض أميني ألانين
يحتاج تمثيل البنية الفراغية للجزيئات الكبيرة مثل البروتين بإستعمال نفس النماذج السابقة بإضافة إلى نماذج أخرى أكثر فائدة في توضيح جوانب من البنية الفراغية للبروتين مثل البنيات الفراغية αوβ ومناطق الإنعطاف فالنموذج الشريطي مثلا هو الأكثر إستعمالا لأنه يظهر لنا بوضوح البنيات الثانوية ومناطق الإنعطاف ويسمح لنا بمقارنة البنيات الفراغية للبروتينات
تمثل الوثيقة (2) طرق مختلفة لتمثيل بنية البروتين:
في النموذج الشريطي Rabus أو الشريط السميك Caricatures يتم تمثيل البنية الثانوية الحلزونية α عادة في شكل شريط حلزوني بلون أحمر بينما يتم إظهار البنية الثانوية β عادة في شكل مسطح بلون أصفر أو أزرق وقد يكزن في شكل سهم لتحديد الإتجاه وتمييز البنيات β المتوازية والمتعاكسة
يتم إظهار المناطق البينية (مناطق الإنعطاف ) بلون أبيض في شكل خيط سميك عادة .
إستخرج مزايا كل نموذج في دراسة البروتينات
بالنسبة لنموذج الكرة والعود والنموذج المكدس فهما يوضحان أنواع الذرات المكونة للبروتين والحجم الجزيئي، أما النموذج الشريطي فيوضح البنيات الثانوية αوβ ومناطق الأنعطاف.
إن إستعمال الكمبيوتر في تمثيل البنية الفراغية للبروتينات يسمح لنا بتغيير طريقة التمثيل (النموذج) وبإستعمال نموذجين في آن واحد بسهولة مما يمكننا من ملاحظة الفائدة من إستعمال كل منها.
كما يسمح لنا بإجراء دراسة مفصلة لبنية البروتين وتحديد مواقع الأحماض الأمينية داخل البنية الفراغية وربط العلاقة بين موقع الحمض الأميني والبنية الفراغية كما تسمح بتحديد الموقع الفعال وطريقة إرتباط البروتين أو الأنزيم بمادة التفاعل
الوثيقة (3) هي تمثيل لبنيات ثانوية α وβ ومناطق إنعطاف بإستعمال برنامج راستوب أو راسمول .
إستخرج بعض مزايا إستعمال برنامج راستوب (Rastop)
يسمح بإجراء دراسة مفصلة لبنية البروتين ، تحديد مواقع الأحماض الأمينية داخل البروتين ، تحديد مواقع الأحماض الأمينية داخل البروتين وعلاقتها بالبنية الفراغية له ، معرفة الموقع الفعال لإرتباط الأنزيم.
يمكن تمثيل البنية الفراغية للبروتين بإستعمال برنامج راستوب للحصول على عدة نماذج منها الكرة والعود والنموذج الشريطي